单是人类的肠胃道含有超过1014个微生物，当中包括细菌、病毒及真菌。 换言之微生物的数量约是人类细胞100倍之多，这证明它们对人体的健康有多大影响。 「微生物群丛」这一词形容环境中有大量微生物的程度。 「微生物群系」这一词则形容生物居住的环境，在这里是指人类的肠胃道。 人类与微生物群同样随着时间而进化，形成互利共生这种对双方有益的关系。 当中肠胃微生物群族得到的好处包括：维持肠胃道黏膜屏障的完整性、产生维生素及营养，以及调节免疫系统。 肠胃道要维持最佳的平衡才能运作，若这种平衡受到干扰就会产生一系列的症状，因为某些微生物可以对身体造成不良影响，而且可以致病。 「菌丛不良」就是形容这种情况的词语。